入关，尔衮重新改组了内三院，所谓的内三院，就是内国史院，内秘书院，内弘文院。
此内三院本皇太极聪十年设立，内国史院掌记注皇帝居诏令，编纂史书及实录，撰拟表章并收藏御制文字；内秘书院掌撰外文书及敕谕祭文并录各衙门疏状；内弘文院掌注释古今政失，向皇帝皇子进讲并教诸亲王等。
尔衮改组内三院，增设士一职，辅佐他处理各军政务，近似明的内阁，是三院士远有明朝内阁的权力，它更象尔衮的幕僚机构。
但三内院的改组，却有利尔衮进一步集权，同削弱济尔哈朗等人的权力。
至此，济尔哈朗虽同辅政叔王，但实际已经沦尔衮的附庸，凡皆由尔衮一言定夺。
在改组三院，尔衮网罗了不少明朝较精明干的臣，在人，尔衮颇象曹操，不管些人德何，更不管些人曾犯什罪，他觉满清统治有帮助的，酌情使；
尽管有些人帮忙，但今仍处在统一全国的战争期间，尔衮每仍十分忙碌；
在他正值壮年，有三十二岁，虽日理万机，但精力仍十分充沛，除了因患有风疾的原因，每逢雨双脚有些疼痛外，平日皆是虎虎生风。
一……（内容加载失败！）
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