1943年秋，在中央研究院总干任的叶企孙，因傅斯年的霸不堪忍受有职无权的羞辱，毅辞职离重庆回昆明西南联，继续担任清华“特研究业”委员主任。1945年8月，因西南联理院院长吴有训调任重庆中央校长，叶继任联理院长。抗战胜利，西南联常委梅贻琦、傅斯年，频繁往重庆、南京、北平间办理校复员宜，叶企孙被国民政府教育部指定代理清华校长、联常委并主持联校务，实的西南联一手。期间，国民政府实施“子计划”，在吴猷推荐，叶企孙力挺年少聪敏的物理才李政公费国习并取留功。许年，李政颇感激说：“叶师不仅是我的启蒙老师，且是影响我一生科就的恩师。”
1946年秋，清华复员回北平并清华园复课，叶企孙担任校务委员兼理院院长，是除梅贻琦外清华二号实力派人物。1948年年底，梅贻琦仓皇南飞，清华很快被中共接管。据叶企孙“文革”期间“代材料”披露：“清华复员，吾曾一度向梅贻琦说：倘有短期国研究物理或科史的机，吾考虑。，国某基金（我记不清哪一了）信，说……（内容加载失败！）
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