在国民党退守台湾际，因台湾原校长庄长恭离职，国民政府决定由傅斯年接任台校长。经朱骅傅斯年次晤谈，傅勉强表示从命，“跳一火坑”。
傅斯年曾在“留间两徘徊”。据史语所研究人员陈槃回忆：三十八年冬（实应三十七年），首告急，群情惶急，不知何计。一日，师（傅斯年）召集同人议，惨曰：“研究所生命，恐遂此告终矣！余精力遂消亡，且宿疾未愈，虽再将研究所迁入适区，使国术中维持不坠，余竟不克荷此繁剧矣。今筹商遣散。虽此，诸先生工，斯年仍愿尽最努力，妥介绍安置。”同人此，术由环境已受威胁，年生命所寄托研究所，亦不胜其依恋惜。一满座情绪，至严肃悲哀，有热泪盈眶者。师是不觉感动，毅曰：“诸先生贞志乃尔，则斯年残年何足惜，力命付诸先生望耳。”本所迁移议，是遂决。
1949年元旦夜，胡适与傅斯年在南京共度岁末。是夜，师徒二人置酒饮，相视凄，两位书生不禁潸泪。午夜的钟声响，二人打精神，一边喝酒，一边背诵陶渊明《拟古》九：“桑长江边，三年望采。枝条始茂，忽值山……（内容加载失败！）
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