1917年7月3日，蔡元培在北表热情洋溢的就职演说的余热未散，就向黎元洪总统提辞职了，措辞委婉，但动因沉郁，是抗议张勋复辟。
1918年夏，北京各校生，曾“中日防敌军协定”问题，结队游行，向总统府请愿。北生，蔡元培曾力阻，但未果。蔡元培因此引咎辞职，经慰留罢。
1919年5月8日，五四运动爆，蔡元培抗议政府逮捕生，5月8日提了辞呈。并9日悄离京赴津，随即南海、杭州。离京前，他曾留一则《启》，10日即在《北京日刊》刊，他写：“我倦矣！‘杀君马者旁儿’，‘民亦劳止，汔休’，我休矣。北京校长职，已正式辞，其他向有关系各校、各集，五月九日，一切离关系。特此声明，惟知我者谅。”次辞职引广师生挽蔡行动，且鉴政府留蔡无表示，5月13日，北京各专校校长5月13日向政府齐辞呈，支持蔡元培。
北京因提倡“新文化”、“兼容并蓄”，常招致“国务院”、“参议院”等衙门的横加干涉。蔡元培非常气愤：“思由，是世界的通例。……世界哪有不由的？我充的校长？”191……（内容加载失败！）
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