抗日战争爆不久，海沦陷，国民党政府迁重庆，中央研究院迁往内。蔡元培因不愿随蒋介石重庆，改从海赴香港，准备转赴昆明，主持中央研究院院务。但是达香港前，蔡元培刚刚了一场伤寒病。已经近70岁的老人，面前面的长途跋涉，十分担否安全达昆明。无奈，先滞留香港。
1937年12月26日，夫人周养浩携子女港，全在九龙柯士甸156号租房居住。蔡元培在港期间，除了读书阅报外，绝无其他消遣。由怕受人注意，因此很少跨门。香港住宅，又很狭窄，三四房间，便他日常活动的。
1938年5月20日，蔡元培应宋庆龄邀请，同港督罗富国爵士等人一，席由“保卫中国同盟”及“香港国防医药筹赈”圣约翰礼堂举行的术展览并表演说。是蔡元培在港期间唯一的一次公演讲，其意本公话别，离港前往昆明或重庆，奈何因身体荏弱不堪，未行。
1940年早春，73岁的蔡元培遭逢爱女蔡威廉死难产的致命一击。蔡威廉位留洋归国的艺术，林文铮结婚，一直致力国立艺专的艺术教工，满腹才华理尚未及施展实现，就在昆明撒手人寰。死很惨，在咽最……（内容加载失败！）
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