元朝始置管理“回回医药”的机构。至元十年(公元1273年)设广惠司，秩正三品，执掌回回医药。至元二十九年(公元1292年))，广惠司外，另设、回回药物院，秩从五品，执掌回回医药。至治二年(公元1322年)药物院拨隶广惠司。穆斯林答麻德十一年(公元1307年)任御药院达鲁花赤。
伊斯兰世界的医药知识很早就传入了中国。五代李珣编写了六卷本《海药本草》，元朝札马鲁丁主管回回司监，藏《忒毕医经》13部。他藏有关炼金术的书籍13部，概与药物有关。明初刻本《回回药方》(一部36卷)，据考证，是元代译就的阿拉伯著名医依本·贝塔尔《简救法》的汉译本。此书残卷现存北京图书馆。营养专著《饮膳正》记载了一些回回药物及方剂。元“回回田”所产的一药，治120杂症。元朝的“回回”医生奇术，已经一些外科手术了，例切除腐、赘疣，等等。
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