明中叶书院的兴盛讲制度的展，曾经带动了术的活跃，激了知识分子关国民族前途命运的热情，招致统治集团的恐惧，从采取了连续禁毁的极端措施。
清代统治者在统一全国，吸取明代的经验教训，书院采取了严格的限制措施。顺治九年(公元1652年)就通令“不许别创书院群聚徒党，及号召方游食无行徒，空谈废业”。但是，书院在文化教育业的展中已占有极重的位，特别是在汉族知识分子中有重影响，简单的禁令又加剧社矛盾，所又在严密控制有限度允许书院讲，并且始表彰某些书院，：顺治十四年(公元1657年)应湖南巡抚袁廓宇请，修复衡阳石鼓书院，“表彰前贤，兴”。康熙二十六年(公元1687年)手书“达”匾额赐给朱熹年所建武夷五曲书院、婺源华阳书院、庐山白鹿洞书院长沙岳麓书院。二十九年(公元1690年)，又手书“儒世泽”匾及“诚意正阐邹鲁实，主敬穷理绍濂洛传”的联，赐给福建考亭等书院。六十一年(公元1722年)，再书“宗洙泗”匾额赐苏州紫阳书院。透露支持尊崇程朱理书院展的意向。但直雍正十一年(公元1733年)仍宣称：“至设立书院，择一……（内容加载失败！）
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