明代书院经历了沉寂——勃兴——禁毁的曲折展程。从明建立至孝宗弘治十八年(公元1505年)的130年间，明代的书院处沉寂状态。明朝廷重视官的建立展，使明初官呈现兴旺达的局面，现了唐宋所未有的盛况。至书院，明朝廷既不提倡，不修复，任其生灭。
从正德年间(公元1506—1521年)嘉靖年间(公元1522—1566年)明代书院逐渐冲破沉寂，始走向兴盛。据曹松叶先生统计，明的书院共计1239所，其中嘉靖年间兴建最，占总数的37.13%；万历年间(公元1573—1620年)其次，占总数的22.71%。有些省的统计资料亦与述情况相符。
明代书院省份计算，江西省占19.59%，居一位；浙江省占10.07%，广东省占10.07%，并列二。
江河流域计算，长江流域占51.25%，黄河流域占19.02%，珠江流域占30.73%。与元代相比，长江流域虽仍占一位，但其百分比降了，珠江流域升二位，黄河流域降三位。
民办官办计算，民办的占18.98%，与宋元相比降很。方官办的占47.13%，中央及其他官府办的占17.88%。
明中叶书院所兴盛，尤其是珠江流域新建书院明显增，究其原因：一是因珠江流域的经济有了进一步的……（内容加载失败！）
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