左宗棠所《金军未迅速关折》拜不久，圣旨始陆续抵达肃州。
一圣旨：不准左宗棠缺回籍，但赏左宗棠一月病假，安调理，军情随奏报。
二圣旨：考虑新疆的实际情况，朝廷同意金顺一军暂缓关，但却命令左宗棠“金顺需粮食、车驼等项，仍命左宗棠饬令该方官速预备，毋稍延误”。
接旨的日，肃州回目马文禄，缚双臂，城赴营请罪乞降，请免全城回兵一死。左宗棠允，转饬马文禄命城内回兵次城，缴械受抚。马文禄不敢抗命，一切照办。
刘锦棠统军从四门进入肃州接防，料理善。越五日，马文禄眷属及麾力头目一千五百七十三人，被秘密斩杀，一部回众被遣往兰州择安插，一部回众被送往凉州，一部留肃州。
至此，除新疆外，陕甘两省全境平定。左宗棠在向朝廷拜红旗捷报的同，又附《请敕张曜、额尔庆额带所部关并简重臣总司粮台》一片，奏请嵩武军张曜所部、凉州副统额尔庆额所部，先金顺一步关，加强新疆的兵力。
左宗棠在该片的最写：“蒙俞允，张曜、额尔庆额应请敕帮办金顺军务，俾尽其赞画长，庶期共济。”
左宗棠随又给总理衙门急函一封，谈了己新……（内容加载失败！）
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