1941年，叶企孙被任命中央研究院总干。
就其体制讲，中央研究院很像我现在的中国科院。总干就是院长的二手。院长由政府员担任，并不实际参与管理日常务，平的运转，全凭总干指挥与调度。
中央研究院由蔡元培任一任院长，曾任孙中山先生秘书长的杨杏佛任一任总干。1938年蔡元培逝世，根据中研院拟定的章程，朱骅被蒋介石选定中研院二任院长。1940年夏，清华校长梅贻琦因公赴渝期间，朱骅曾向他表露请叶企孙任总干一职的法，有梅院长的同意。梅的回答是“是，不清华的业离不叶，最是不完全离清华两边兼顾”。1940年9月29日，朱骅致函梅贻琦，再次求他够同意己的请求。朱氏认，总干一职担负的是国科振兴的任，非同，有术权威且国力的人才担任。同，职务需有非凡的组织才良的人际关系。了职务，各派互不相让，各派势均力敌，争夺不热闹。但朱骅叶企孙。因就术就言，叶企孙是一位绩卓著的科，就人品说，叶企孙人正直，重才敬才，无派无系，怀坦……（内容加载失败！）
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