据史料记载，宋代临清虽已设县，但并无特殊经济位。至元代运河通，它各类水系汇处，位南北往货船集散转运，政治及经济位日益提升。1289年，元朝通由东平至临清的通河（全长约二百五十华），接通卫河；1293年又通了由北京至通州的通惠河，连接隋代的运河。从江南的漕船由临清入卫河，再经白河至通州，由通惠河直达北京城内的积水潭。
从理论说，运河至此已全线贯通。惟因航狭浅，常遇枯水或黄泛决口（比1391年，黄河在原武决口，致使通河的临清至济宁段因河淤塞荒废），每年漕运量不足十万石。至明代永乐九年（1411），明祖令宋礼修复通河并引入汶水、泗水，彻底解决通河水源问题，京杭运河才算是真正通。 明代宣德四年（1429），临清始设置钞关。至此，临清的商业位始达了它的顶峰。
万历，朝廷设立了崇文门、河西务、临清、淮安、扬州、浒墅、北新、九江八钞关（除九江外，各钞关均分布运河沿线）。所谓钞关，即是向往船征收商税的关口。按《明史·食货志》记载，钞关收取的商税分税货税两，税计量船修广，不税其货，惟临清与……（内容加载失败！）
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