「最后的女巫」所启动的技术革命将名为「科学」的新秩序导入「魔法」的世界。莱尔是一名同时拥有魔法与科学能力的少年，玛莉亚则是倡导科学时代的贵族家大小姐，从小与莱尔一起长大。至于路娜莉亚则是莱尔在偶然的情况下所遇见的「幻想种」，也就是魔法时代的象征。夹在两名少女之间，身处两大时代的接缝，足以改变世界的少年将如何抉择？