两年之前，『东京』遭遇了灾难——高中生秋月莲次和著名偶像弓家叶方有着一个共同的秘密。他们是侵入了『临界区域·东京』的『入侵者』，并使用AREA限定的特殊能力『SHOT』持续探索着。在与敌对的政府机关『救务厅』，还有AREA最可怕的怪物，人类之敌『EOM（EnemyofMankind）』三方混战的情况下，他们能够兑现彼此许下的『诺言』吗！？