被卷入事故中受到重伤的明久。睁开眼睛时已经是数千年后的未来世界！？因长时间的冬眠而成为“宝贵的人类的原种”的明久，刚醒来就被『侵略体』袭击。混乱之中，和少女一同乘上人类的防御兵器<女神>，就在这时，限乘一人的<女神>发挥出了预想之外的威力，竟然将本来最多只能击退的侵略体完全破坏掉了！？一边被进化得更加可爱的少女们围迫，一边与『侵略体』展开殊死战斗，明久的命运究竟何去何从？