《最后的99天》取材于真实的历史事件，讲述了新中国成立前夕，在距新政协预定的会期还有99天之际，党派往上海递送绝密情报、接应民主人士北上的人被捕叛变了，上海地下党的任务面临严峻的困难。为了争取并掩护民主人士北上残疾第一届新政协会议，抑或欺骗挟持这些民主人士去台湾，一对同父异母的兄弟即共产党人肖坤和国民党军官肖鹏之间，展开了一场殊死的搏斗。